El nombre de los Coatlanes se compone de dos vocablos: coatl-culebra y tlán- junto o entre, entonces su significado es “Tierra de víboras”. Y el nombre del Municipio de San Sebastián es en honor al Santo Patrono que en ese lugar se venera.
La localidad fue fundada en 1787, y se le puso el nombre de San Sebastián en honor al santo muerto asaetado en Roma en 288 D.C. San Sebastián; fue martirizado en el año 304 en Roma. Se dice que fue mártir de su convicción cristiana y que sucumbió como soldado, intequérrimo. El emperador Dioclesiano lo había designado como jefe de las guardias imperiales. En el imperio reinaba la orden de depurar al estado y al ejército y de eliminar a los cristianos. San Sebastián luchó fervorosamente contra esta orden. Se enfrentó a Dioclesiano, tomó por sorpresa al emperador y defendió elocuentemente al cristianismo.
Con gran acierto, los artistas de todos los tiempos han representado el martirio de San Sebastián, los caballeros de las cruzadas y los arcabuceros veneraron al santo militar como su patrono.